Достатнє зволоження території та горбиста місцевість сприяли утворенню річкової мережі Дністра. Він протікає з північного заходу територією Тлумацького та Городенківського районів. Дністер утворює звивисту долину довжиною 145 км з високим стрімким правим берегом. Ширина долини змінюється від 0,4 до 1,0 км. Проте у деяких місцях збільшується до 1,5-3,0 км. Ширина русла річки змінюється від 60-150 метрів. Середня глибина становить 1,5-3,5 м. За гідрогеологічними особливостями річку поділяють на три частини: гірську – Карпатську, середню – Подільську та долішню – Причорноморську. Перша частина – це типова гірська річка із швидкою течією, численними перекатами і порогами, кам’яним дном і берегами бере свій початок на висоті 820 м над рівнем моря. Нижче м. Старого Самбора, у місці її виходу на рівнину – Верхньодністровську улоговину, – течія сповільнюється, похил ріки значно зменшується, береги стають низькими, заплава в багатьох місцях заболочена. Між гирлами річок Бистриця та Золота Липа береги Дністра стають високими, стрімкими, місцями обривистими. Річка меандрує, деякі її вигини простягаються навіть на 10 км. Саме тут розпочинається унікальний ландшафт Дністровського каньйону.
Відомий письменник і етнограф О. С. Афанасьєв (Чужбинський) у «Нарисах Дністра», виданих 1863 року, писав, що він не знає нічого мальовничішого, ніж долина цієї річки: «Кам’яні скелі різноманітних форм і дерева в незлічених комбінаціях безперервно змінюють ландшафт, і чи нависне над кручею дикий ліс, чи стеляться виноградники, всюди бачиш закінчену картину, що має свій особливий колорит…» (Афанасьєв-Чужбинський, 2016).
Всі притоки у місцях впадіння в Дністер у межах Парку належать до малих (довжина від 10 до 100 км). Починаючи від річки Тлумач, іншими правими притоками Дністра є Суходіл, Чортовець, Семенівка, Должок та Левиць. Лівими притоками є Коропець, Бариш, Золота Липа, Джурин, Луча. Всього в межах Парку налічується 11 приток та десятки потічків (до 1 км), що на шляху до свого головного русла часом утворюють перекати і навіть малі водоспади.
Живлення Дністра мішане: 50% належить атмосферним опадам у вигляді дощу, 13% – підземним джерелам, а решта 37% – сніговому живленню. Дністер належить до річок з паводковим режимом, тобто для нього характерні весняні повені у березні, але періодично повторюються катастрофічні літні паводки (червень-серпень), викликані випаданням тривалих і сильних дощів у Карпатах.
Ще з княжих часів Дністер був повноводним і використовувався для судноплавства. Адже саме кораблями до Галича в основному сплавляли сіль із солеварень, камінь вапняк для побудови сакральних споруд княжого Галича, а також інші вантажі та товари. Про першу повінь, що сталася на річці Дністер у 1164 р. біля Галича, розповідає Іпатіївський літопис. Цей природний катаклізм був дуже великих масштабів, потонуло більш як 300 людей, що везли сіль із карпатських солеварень, «багато людей і вози знімали з дерев, де їх вода покидала» (Гусак, 2017). Довший час переправа через Дністер відбувалася за допомогою човнів та поромів. Перший «австрійський» дерев’яний міст в м. Галичі було споруджено у 1858 р. Періодично у ХVIII cт. на річці поблизу міста траплялись незначні паводки. Відомо, що у 1864 р. в м. Галичі була небачена повінь. На щастя, новозбудований
міст через Дністер витримав її.
Отож невеликі повені на Дністрі повторюються практично щороку, але найбільші з них спостерігаємо в середньому через 10–11 років. Зокрема, зафіксовані дуже високі рівні води в річці під час паводків у 1941, 1969, 1989, 2008 та 2020 роках, а також весняної повені 1980 та 1996 років.
Середня тривалість паводків сягає 10–25 днів. Рівень води на різних ділянках ріки підіймався в цей період на 0,5–2 м/добу і навіть до 6 м/добу. У роки із сухим літом на цих річках спостерігається межень. Більша частина річкового стоку припадає на весняно-літній період. Малий стік взимку пояснюють утворенням льодового покриву. Зазвичай він нестійкий і триває від кількох до 90 днів. Формуватися льодостав починає в останні дні листопада, стаючи порівняно стійким у третій декаді грудня. Скресає річка в кінці лютого. Льодохід триває в середньому 5 днів.
У Тлумацькому районі середня густота річкової мережі становить 0.55 км2, а у Городенківському ще менша – 0.3 км2. Нараховують 85 річок і тимчасових водотоків, які мають загальну довжину 400 км. На річки довжиною понад 10 км припадає 13% від їх загального числа. Від загальної кількості об’єктів гідромережі постійні водотоки становлять 67%.
На території парку дуже мало озер. Більша їх частина є заплавними. Прісні та мінералізовані підземні води зосереджені у надрах землі. Знаходяться тут ще водоспади та джерела, які мають велике рекреаційне значення.